（1）三极净化槽法
EM菌液循环处理反应系统一般是设置净化槽。净化槽由三个大槽组成，排出的污水先贮入第一槽；由EM菌液微生物进行分解，在第二个槽里污水中的有机物分解成水和CO2（二氧化碳），在第三个槽里将处理过的水再送回最前面的处理槽，如此循环，可进一步增加EM菌液微生物的密度，并提高水的抗氧化力。投放EM菌液的比例为：第一净化槽按污水接受量的1／100投入EM菌液，第一及第三个槽均按水量的1000～10000万之一投入（可依据水质调正倍率）。每周投入一次。
（2）生物膜法
为使EM菌液微生物有长期滞留的“住处”，形成生物膜，可用多孔砖石、木炭、竹炭、沸石等材料在10～50倍的EM菌液稀释液中浸泡2～4天后，抛入污水里和放置在水口。10天换一次。净化河流湖泊时，如河床没有淤泥，也应设置不会被水冲走的特制水泥块作为生物膜。
（3）水面喷施法
按总水量的100000：1取EM菌液（加等量红糖），配制100倍的EM菌液稀释液，密封发酵10～12小时，泼洒水面。河流湖泊净化时，应设法保持流动状态。
（4）垃圾发酵法
1材料准备
（i）有机垃圾（须剔除塑料制品，金属物等无机物质）。
（ii）可完全密闭的塑料容器（桶、黑色垃圾袋等）。
（iii）米糠、也可用麦麸或粉碎的各种秸秆、锯末屑等代替。
（iv）EM菌液、红糖。
2制作方法
第一步先制作EM菌液发酵料（见第二章）。
第二步用EM菌液发酵料处理生活垃圾，生活垃圾主要为剩饭剩菜、瓜皮果皮等，猪骨鸡骨鱼骨也可放入，处理后能成粉状。根据垃圾含水量多少放入EM菌液发酵料。垃圾中水份越少越好，如果含水量较高，则多放EM菌液发酵料以吸干水分。
3操作方法
将每天的垃圾倒入能密闭的塑料容器中（桶、黑色垃圾袋等），倒一层（10公分厚左右）撤上一层EM菌液发酵料，每次都要盖紧桶不能透气。天天次次如此直到装满。根据季节变化，一般放置10～15天后即可制成长满白色菌丝的生物农肥，作基肥和根部追肥都可以。
垃圾生物农肥也可以放在桶里用水浸泡一天，萃取出的液肥（有益微生物群）既可以灌田提高产量，还可以用来净化污水。
（5）稀释喷洒和发酵料的投放法
（一）垃圾场可用100～200倍EM菌液稀释液全面喷洒，可降低腐臭，减少蚊蝇；
（二）极臭的粪沟等可适量投入EM菌液发酵料改善环境。

资料来源：徐州森田生物科技有限公司http://www.sistan.com.cn